Năm 1645, quân Mãn Thanh tấn công Nam Kinh, Chu Duật Kiện phải chạy sang Hàng Châu. Tháng 8 năm đó, theo kiến nghị của bá quan, ông xưng Giám quốc tại Phúc Kiến, sau chuyển tới Phúc Châu, lấy niên hiệu là Long Vũ (隆武).

Cuối hè năm 1646, Trịnh Chi Long, đồng minh mạnh nhất của Minh triều đầu hàng nhà Thanh, quyết định không tiếp tục hỗ trợ cho chính quyền của Long Vũ, trong khi đó Trịnh Thành Công đã cố găng ngăn cản việc đầu hàng của cha mình nhưng không thành công.

Long Vũ đế bị bỏ lại cùng một vài quần thần trong tình trạng suy yếu. Vào ngày 6 tháng 10 năm 1646, ông bị bắt và bị treo cổ ngay ngày hôm đó.